船を選択してから、味方の別の船を右クリックすると随伴させることができる。 船を選択してから、船画像の右下のアイコンをクリックすることで、積極的防御、消極的防御、攻撃的の3つの方針を変更できる。 ・2019/5/15のアップデートにて、消極的防御はホールド(自身は決して動かず、射程に入った敵を攻撃するのみ)に変更された。 旗艦のみ、撃沈されてもブレイク卿から購入することが可能。 船は積み荷が増えたりHPが減ったりすると速度が減少する。これらを軽減するアイテムも存在する。 ハーバーマスターにアイテムを装備したり、海賊と貿易協定を結ぶことで一般には入手できない敵専用船を使うことも可能。
本作では風向きの概念が取り入れられており、帆船の速度はこれの影響を受ける。 風向きはミニマップの左上に表示されている。
技師が登場して以降、専用の造船所にて建造できるようになる。電力供給が前提となるので、これの確保も同時に必要となる。 頑丈で強力、風向きの影響を受けず安定した速度で航行できるが、追い風を受けた帆船よりは遅い。
他にも以下の船が登場するが、装飾的な役割であり干渉は不可能。 ・一般停泊地に寄港する、観光客を乗せた船 ・通勤用埠頭を回る客船 ・ブレイク卿のクエストで登場する、女王の旗艦 ・沿岸設備の漁船・捕鯨船